تجري في اندونيسيا انهار كثيرة ويستفيد منها الشعب في بعض الجزر لأغراض الري بينما في البعض الاخر لوسائل النقل والتنقل وفي بعض الجزر بحيرات طبيعية تقع في المناطق الجبلية مثل بحيرة توباToba في شمال سومطرة وبحيرات سينكاراكSingkarak ومانينجاوManinjau وكيمبارKembar اي التوأم في غرب سومطرة وبحيرة كاليموتوKalimutu ذي اللون المتغير في جزيرة لومبوك وبحيرة تيمبي Tempe في جنوب سولاويسي وبحيرة توتي Towuti وماتانatana في جنوب شرقي سولاويسي وبحيرة بوسوPoso في وسط سولاويسي وبحيرتي توندانو Tondano وليمبوتوLimboto في شمال سولاويسي وبحيرتي بانياىBanyay وسنتاني Sentani في ايريان جايا وهناك كذلك بحيرات اصطناعية لتخزين المياه لآغراض الري والزراعة وتوليد الكهرباء.