وصل الاسلام إلى زنجبار عن طريق الهجرات العربية والشيرازية إلى شرق أفريقية في نهاية القرن الأول الهجري ومن أوائل الهجرات العربية :
هجرة من قبيلة الأزد في سنة 95 هجرية وأكثر العرب المهاجرين إلى هذه الجزيرة هم من العثمانيين في زمن سعيد بن سلطان خصوصا قبيلة الحرث . ومن فروعها المحارمة والسمرات والمراهبة والمطاوقة .
في عهد الخليفة عبد الملك بن مروان قام الحجاج بن يوسف الثقفي بمحاولة ضم عمان إلى الدولة الأموية وكان يحكمها حينذاك سليمان وسعيد أبنا عبدالجلندي وهما من أعظم سلاطين عمان ، وقد امتنعا عن الحجاج ، فأرسل الى عمان جيشا كبيرا لا حول لهما به فآثرا السلامة وحملا ذراريهما وخرجا بمن تبعهما من قومهما فلحقوا جميعا بأرض الزنج في شرق أفريقيا .
على ضوء هذه الحقيقة التاريخية استطاع المؤرخون أن يقرروا أن الوجود العماني في شرق أفريقيا بدأ على صورة ما في أواخر القرن الأول الهجري وأن يقرروا أيضا أن هذا الوجود لابد أن يرتكز على وجود آخر سبقه إلى هذه البلاد إذ إنه لا يستقيم عقلا أن يلجأ سلطانا عمان سليمان وسعيد ابنا عبد الجلندي فرارا بنفسيهما وأهلهما وبمن تبعهما إلى أرض وبلاد فراغ من الجود العماني يأمنون فيها على حياتهم وعلى دينهم . كما أن بعض مؤرخي هذه المنطقة يؤكدون أنه كان للعرب العمانين مراكز في القارة الأفريقية وكانت لهم قوات وسلطات متصلة من بر الصومال إلى مدغشقر منذ النصف الأول للقرن الأول الميلادي ، ولقد زار ابن بطوطة الرحالة المغربي العربي الساحل الأفريقي ووصف بدقة تلك الآثار القديمة الموجودة في سواحل افريقيا الشرقية من قصور وقبور ومساجد ويقول المؤرخ الأمير شكيب أرسلان في كتابة ( حاضر العالم الاسلامي ) إن العرب العمانيين قد تملكوا الجزر والسواحل في شرق أفريقيا وجاء البرتغاليون فانتزعوها من أيديهم عام 1503م ثم استردها سلطان بن سيف الذي طرد البرتغاليين من كل من ممباسة وكلوة ، وبمبا ، وأرسى أول دولة عمانية مستقرة في أفريقية الشرقية .
كانت ممباسة مقر الولاة وكان الأئمة اليعاربة في عمان يرسلون ولاتهم إليهما وإلى غيرها من بلاد شرق أفريقية ولما ضعفت قوة اليعاربة في عمان عرض الامام سيف بن سلطان الثاني على المزاريع ولاية ممباسة على أن يدفعوا له شيئا معلوما كل سنة وهكذا صار الشيخ وملحقاتها سنة 1163ه .
وفي أثناء ولاية الشيخ محمد بن عثمان انتقلت الامامة من اليعاربة إلى الامام أحمد بن سعيد البوسعيدي فانتهز الوالي المزروعي الفرصة وأراد أن يستقل بملك ممباسة وملحقاتها وامتنع عن دفع الضريبة المفروضة فقام أحمد بن سعيد بمهاجمة المزاريع والقضاء التام عليهم وخضعت ممباسة وملحقاتها وزنجبار وبمبا للحكم البوسعيدي في عمان .
أستمرت عمان مركزا لإدارة المملكة البوسعيدية ، الى أن جاء عام 1818م حيث وجه السلطان سعيد بن سلطان همته إلى أفريقيا الشرقية فسافر باسطول ضخم صوب ممباسة وعندما وصلها ترك في قلعتها حامية من جندة البلوش وسافر إلى زنجبار وشاهد لأول مرة هذه الجزيرة الجميلة واستقبلة أهل زنجبار بالمزيد من الحفاوة والترحاب وقد رأى بثاقب فكرة أن يتخذ زنجبار عاصمة له ووجه همته لرفع شأنها .
قام السلطان سعيد ببرنامج إصلاحي طبقة في شرقي أفريقية فيما يتعلق بالعملة والرسوم الجمركية والاهتمام بزراعة القرنفل وانعاش تجارة القوافل بين مسقط ومملكته في شرق أفريقيا وكان يرسل كل عام بعضا من سفنه لتأتي له بالذهب والعاج وانتشر الرخاء وعم شرق إفريقيا نتيجة لاكتشاف مناجم الحديد في ممباسة أضافة لما طرأ من تطور في صناعات الغزل والاقمشة التي أخذت تصدر من مقديشوا إلى مصر وشجع السلطان قدوم الأجانب للتجارة وعمل على جذب الهنود إلى دولته حتى أصبحت مدينة زنجبار أكبر ميناء على سواحل المحيط الهندي الغربية ، وأكبر سوق لتجارة العاج ، وأصبحت أهميتها لا ترجع إلى تصدير القرنفل فحسب وإنما إلى توغل تجارها داخل القارة وعودتهم إلى الساحل بالمنتجات المتنوعة .
ولقد بنى السلطان سعيد أسطولا تجاريا ضخما كان يستخدمة في نقل البضائع وأرسل سفنه إلى ( مرسيليا) و ( جنوة ) و ( لندن ) وغيرها ولقد اهتم ببناء أسطوله العسكري البحري فكان عندة 75 سفينة على ظهر كل منها 56 مدفعا فكان أسطولة هذا يعد أقوى أسطول على طول الساحل الممتد من رأس الرجاء الصالح إلى اليابان وتحولت زنجبار من قرية صغيرة في القرن الثامن إلى أن صارت تعتبر ثالث دولة تجارية في المحيط الهندي وقد لعب السلطان سعيد دورا كبيرا في منع تجارة الرقيق عندما وقع اتفاقية مع بريطانيا عام 1822م ، حيث كان شرق أفريقيا قبل هذه المعاهدة هو المصدر الرئيس لتجارة الرقيق إلى الدولة المسيحية .
أخذ الاسلام يتوغل مع قوافل التجارة إلى داخل القارة الافريقية وبقيت الدولة الاسلامية في زنجبار تنعم بالاستقرار في ظل الدولة البوسعيدية .